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对甲基苯磺酰异氰酸酯在有机合成、医药、农药、材料科学等领域有广泛应用，以下是其主要用途：
一、有机合成中间体
用于制备各种磺酰胺类化合物，通过与胺类化合物反应，将对甲基苯磺酰基引入到胺分子中，在药物化学和材料科学中，磺酰胺结构常具有独特的生物活性和物理化学性质，可用于开发新的药物和功能材料。
能与醇类化合物反应生成磺酰氨基甲酸酯，这类化合物在有机合成中可作为重要的中间体，进一步进行各种转化反应，用于构建复杂的有机分子结构。
二、医药领域
是合成某些药物的重要原料，例如，在一些头孢类抗生素的合成过程中，对甲基苯磺酰异氰酸酯可用于引入特定的官能团，改善药物的稳定性、 活性和药代动力学性质。
用于合成具有生物活性的小分子化合物库，通过与不同结构的胺类或醇类化合物反应，构建多样化的化合物结构，为药物研发中的先导化合物发现和优化提供基础。
三、农药领域
可用于制备磺酰脲类除草剂，通过与相应的胺类化合物反应，形成具有除草活性的磺酰脲结构，这类除草剂具有高效、低毒、选择性强等优点，能够有效控制农田中的杂草生长。
参与合成某些杀虫剂和杀菌剂，通过引入对甲基苯磺酰基，改善农药分子的稳定性和生物活性，提高其对害虫和病菌的防治效果。
四、材料科学领域
作为功能性单体，可与其他聚合物单体共聚，将磺酰基和异氰酸酯基引入到聚合物分子链中，赋予聚合物新的性能，如改善聚合物的溶解性、热稳定性、机械性能等。
用于制备具有特殊功能的高分子材料，如在聚氨酯材料中，与多元醇反应可形成含有对甲基苯磺酰基的聚氨酯，这种材料可能具有更好的耐水性、耐磨性和抗老化性能，可用于涂料、胶粘剂、弹性体等领域。